IDO 靶向库
通过结构和配体的方法结合而设计的IDO靶向化合物库
5 502种化合物
吲哚胺2,3-二氧化酶(IDO)是一种含血红素的蛋白质,可催化色氨酸中吲哚的C2-C3双键的氧化裂解,生成N-甲酰犬尿氨酸。
抑制这一途径是对于治疗许多神经系统疾病,如阿尔茨海默病、帕金森病和脑缺血非常有吸引力的角度。
此外,许多肿瘤细胞中都有IDO1过表达的报道,因此其被认为是导致肿瘤微环境中癌症免疫抑制的关键因素之一。
库的设计
根据文献数据,IDO抑制剂与生物靶标的关键相互作用是与活性位点血红素中的铁离子配位。正是这种相互作用阻止了铁离子参与吲哚胺的氧化。
大量已知的IDO抑制剂是分子量相对较低的亲水性化合物。因此,在初始化合物集选择中应用了严格的PhysChem参数过滤器(先导相似性,Veber规则)。我们开发了一种整体的化合物库设计方法,包括基于配体/受体的虚拟筛选、血红素结合片段的富集以及新化学类型的选择。
- 基于配体的方法:从我们的库存中挑选出具有类似骨架、化学类型和关键部分的化合物。
- 对接:在血红素配位约束和其他对绝大多数有效配体具有特异性的重要结构特征下进行虚拟筛选。优先选择能够填充环境亚口袋的配体。
- 通过子结构搜索进行选择:严格搜索含有据报道与血红素形成配位键片段的分子。具有独特化学类型和适当形状的化合物被纳入库中。
- 分子特性:100%符合Ro5,99.5%符合先导相似性。
库中的分子示例
库中包含的螯合片段和使用参考化合物示例