Chemspace Agro-like Library 是面向农药发现的筛选化合物库。它以已知农药有效成分为参照,从现货目录中挑选待测分子,既寻找结构相近的类似物,也纳入骨架不同但化学特征相近的分子。[1]
这套库提供两种选择:含 5,084 种化合物的预铺板版,以及含 101,938 种化合物的扩展版。前者适合直接启动一套固定规模的筛选,后者支持按研究方向和测试数量挑选化合物。[1]
01 从三个角度寻找农药相关分子
同一个参考分子,用不同方法检索会得到不同的候选结构。构建 Agro-like Library 时,采用二维分子指纹相似性检索、骨架子结构检索和 FTrees 检索,再将结果合并、聚类和过滤,得到最终集合。[1]

图 1 Agro-like Library 的构建流程。三种检索方法的结果经合并、聚类和过滤,形成预铺板版与扩展版。来源:Chemspace 官网原图。[1]
二维分子指纹将分子的结构特征转换成便于比较的编码,用来寻找结构相近的类似物。骨架子结构检索则指定需要保留的核心结构,寻找包含这一结构的分子。[2]
FTrees 模糊药效团检索关注氢键供体、受体、疏水性等化学特征及其连接关系。它把这些信息表示为相互连接的特征节点,再进行比较。由于不要求每个原子和局部结构完全对应,FTrees 也能检出骨架不同、化学特征相近的分子。[3]
02 比较分子量与亲脂性分布
Chemspace 将扩展版与参考分子集合进行了比较,列出了分子量、计算 LogP、氢键受体数和杂环数的分布。图 2 展示其中的分子量和计算 LogP 两项。[1]


图 2 扩展版与参考分子的分子量(左)及计算 LogP(右)分布。浅绿色为库中化合物,青绿色为参考分子;纵轴为各自集合内的化合物比例。来源:Chemspace 官网原图。[1]
图中两组分布的主体区间重叠,库中化合物的分子量分布较参考分子略向高值移动,计算 LogP 的分布则较为接近。计算 LogP(cLogP)是根据分子结构估算的亲脂性指标。挑选扩展版子集时,可以同时考虑结构和这些性质,按项目设定的参数范围进一步筛选。
03 按筛选规模选择预铺板版或扩展版
希望使用固定集合开展初筛,可选预铺板版;需要自行挑选化合物,则用扩展版。[1]
| 项目 | 预铺板版 | 扩展版 |
| 化合物数量 | 5,084 种 | 101,938 种 |
| 供货形式 | 10 mM DMSO 溶液,已分装入板 | 固体或 DMSO 溶液 |
| 选取方式 | 整套采购 | 整库或挑选部分化合物 |
| 参考交期 | 4–5 周,含配送 | 5–8 周,取决于选取规模 |
表 1 供货形式与参考交期。DMSO 为二甲基亚砜。来源:Chemspace 官网,2026 年 10 月 28 日核对。[1]
预铺板版中有 5,056 种化合物同时收录于扩展版,占预铺板版的 99.4%。[1] 先使用预铺板版、再从扩展版补充化合物时,可按 ID 和结构核对已测样品,减少重复采购和测试。
扩展版还支持按农药类别挑选化合物,SDF 结构文件包含 SMILES、ID 和农药类别参照信息。[1] 研究团队可先根据这些信息整理名单,再结合结构和理化性质确定采购范围。
资料来源(访问及复核日期:2026 年 10 月 27 日至 28 日)
[1] Chemspace|Agro-like Library 产品页及原图