计算机辅助药物设计
以精准和洞察力加速药物发现
通过Enamine先进的计算机辅助药物设计（CADD）服务，释放体外药物发现的全部潜力。
与我们合作，您将获得量身定制的建模工作流程，整合了先进的分子建模、人工智能驱动的筛选以及药物化学专业知识——所有这些都专注于提高您在早期药物发现中的成功率。
我们的团队将全程支持您，从靶点识别和结构预测，到命中化合物识别、先导化合物优化，直至后续开发。我们结合了基于结构和基于配体的虚拟筛选、分子对接、分子动力学以及自由能微扰（FEP）等工具，帮助您优先选择最有前景的候选化合物进行合成和生物测试。
您获得的不仅仅是计算工具的使用权，更是一种以结合亲和力预测、ADMET特性分析和实时决策为核心的结果导向型策略，旨在降低您研发管线的成本和时间。
通过与Enamine CADD部门合作，您将受益于：
- 对靶点行为和结合口袋动态的深入洞察
- 从Enamine REAL库和筛选库中快速识别和排序命中化合物
- 整合人工智能（AI）、机器学习（ML）和化学信息学，探索广阔的化学空间
- 从虚拟筛选到合成及生物验证的无缝衔接
无论您面对的是具有挑战性的蛋白质、RNA结构，还是新颖的化学系列，我们的计算化学专业知识都能帮助您自信地进行设计、预测和优化。
我们采用平衡的方法，综合运用多种互补的技术和策略
靶点建模与研究
同源建模
- 针对未解析结构的靶点进行三维结构预测
- 结构修复
- 突变体建模
靶点结构分析
- 潜在结合位点搜索
- 活性残基预测
- 人工智能结合点位预测
DNA/RNA-复合物建模
- RNA 沟槽中的嵌插与结合
- G-四链体（G-quadruplex）建模
- 核糖开关（Riboswitches）
- DNA GG 和 GA 结合口袋
分子动力学（MD）模拟
- 比较并展示配体存在与不存在时结构随时间变化的行为
- 模拟突变对蛋白稳定性、活性以及对已知结合物抗性的影响
- 蛋白-配体结合能估算
- 隐蔽性结合口袋（Cryptic pocket）搜索
基于配体的药物设计（LBDD）
类似物搜索与子结构搜索
- 二维搜索（摩根指纹、ECFP等）
- 三维搜索（QuickShape）
- 多样化/聚类分析
- Bemis-Murcko骨架/图谱搜索
- 合成子搜索
基于配体的三维药效团虚拟筛选
机器学习建模与预测
- 机器学习驱动的高通量虚拟筛选
- 机器学习辅助构建QSAR模型
- 机器学习驱动的ADMET性质预测
命中化合物到先导化合物的集成项目支持
- 合成可行性评估与筛选结果分析
- 构效关系（SAR）
- 骨架跃迁/骨架变换
- 生物电子等排体替换
电子结构计算：DFT、MP2等
QM/MM模拟
大规模数据可视化
- UMAP
- PMI-3D
- 性质分布图
性质计算
- 毒性/ADMET机器学习预测（BBB、hERG、渗透性（Caco-2、PAMPA等）、代谢稳定性预测等）
- 理化/药物化学性质预测与分析（logP/logD、溶解度等）
基于结构的虚拟筛选（SBDD）与复合物评估
非共价分子对接
- 经诱饵验证的模型
- 定制化约束条件
- 多阶段工作流程
共价分子对接
- 预设化学反应及靶向设计化合物库
- 多阶段工作流程（+非共价对接用于反应前建模）
基于片段的虚拟筛选
基于主动学习的建模
Boltz-2 方法
- 结构预测
- 结合模式确定
- 结合概率估计
- 结合亲和力预测
汤普森采样（Thompson Sampling）
- 自适应化合物筛选策略
- 指导化学空间的探索
- 高效优化排序多样化且有前景的候选分子
元动力学（Metadynamics）
- 用于稀有事件的增强采样技术
- 高效识别自由能极小值和过渡态
- 探索隐藏的构象空间
- 支持结合构象优化与作用机制解析
分子动力学（MD）模拟
- 验证虚拟筛选中选出的配体
- 估算蛋白-配体结合能
- 提供蛋白-配体相互作用的动态图像
QM/MM 计算
- 量子力学/分子力学混合建模
- 精确描述反应机制
- 精细化模拟共价键形成与电荷转移过程
新方法
FEP（自由能微扰）- 精确结合亲和力预测
它解决的问题：
- 精确计算配体与靶标的结合亲和力
- 通过结合自由能对化合物进行排序，以改进构效关系（SAR）分析
- 预测修饰对结合亲和力的影响
- 通过选择最有潜力的候选化合物，降低合成和生物测试的成本
提升配体设计的全新准确水平！
每个项目都始于评估阶段
在启动全面的建模工作之前，我们始终会先进行项目评估阶段——这是一个简明的分析步骤，旨在：
- 为虚拟筛选或先导化合物优化制定科学合理的策略
- 评估可用结构数据（如靶点、配体等）的充分性与适用性
- 根据您的目标和限制，推荐最有效的方法和工作范围
- 识别早期药物发现项目中潜在的风险或挑战
量身定制，贴合您的项目需求
我们很乐意针对您的具体项目开展定制化评估——基于您的靶点、现有命中化合物或期望的化合物类型。这是在推进下一步之前做出科学、可靠决策的最佳方式。
由计算机辅助药物设计驱动的生物学验证
- 最短化合物交付时间（1-2 天）
- 访问费用享受 25% 折扣
- 定制工作流满足您的需求
- CADD 和生物学服务享受 10% 折扣
- 高概率获得多达 15 个生物学验证的命中化合物（35-75 个工作日内）
2024 年项目组合概览
项目在各大洲的分布
通过此处的具体案例研究，探索我们在经验和成功方面的深度。
精选的出版物
1. Creation of targeted compound libraries based on 3D shape recognition.
Mol Divers 2022, 27, 939–949. DOI: 10.1007/s11030-022-10447-z
2. Pharmacological inhibition of syntenin PDZ2 domain impairs breast cancer cell activities and exosome loading with syndecan and EpCAM cargo.
J of Extracellular Vesicle 2020, 10. DOI: 10.1002/jev2.12039
3. Modelling of an autonomous Nav1.5 channel system as a part of in silico pharmacology study.
J Mol Model 2021, 27. DOI: 10.1007/s00894-021-04799-w
4. Integrated workflow for the identification of new GABA positive allosteric modulators based on the in silico screening with further in vitro validation.
Molecular Informatics 2023. DOI: 10.1002/minf.202300156 Case study using Enamine’s stock chemical space.
