激酶共价化合物库

亲电结合子能够共价修饰 ATP 结合口袋及变构口袋中的半胱氨酸残基

5 520 种化合物

激酶共价药物研发在药物发现领域拥有悠久而卓越的地位。该策略已成功推动 12 款药物获得 FDA 批准,并在临床上取得了显著疗效。尽管共价药物研发面临诸多挑战,但激酶靶向领域仍是该策略的核心阵地,如今这一地位正与诱导邻近和蛋白降解策略共享。精心选择亲电弹头是实现高选择性并最大限度降低脱靶效应的关键要素之一。

典型格式

目录号 化合物数量 规格 储存形式 价格
KCL-5520-5-Z-10 5 520
5块板
5uL@10mM
DMSO溶液
1536孔声学LDV微孔板
前4列和后4列留空,每板1280个化合物
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KCL-5520-10-Y-10 5 520
15块板
10µL@10mM
DMSO溶液
384孔声学LDV微孔板 Labcyte #LP-0200
第1、2和23、24列为空,每板320个化合物
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KCL-5520-50-Y-10 5 520
15块板
50µL@10mM
DMSO溶液
384孔板 Greiner #784201
第1、2和23、24列为空,每板320个化合物
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  • 库代码:KCL-5520
  • 5 520种化合物

为构建该化合物库,我们筛选了能够与半胱氨酸结合的温和亲电试剂数据集,并利用所有含可及半胱氨酸残基的已报道 PDB 结构,对激酶半胱氨酸组进行了系统分析。

  • ATP 或变构口袋中存在可与小分子结合的可及半胱氨酸残基
  • 采用丙烯酰胺及其取代类似物进行分子对接
  • 对接计算后对结合构象进行可视化检查

半胱氨酸残基位置具有共价靶向的潜力

颜色根据半胱氨酸残基所在的区域进行分配——橙色:富含甘氨酸的环(P-loop);粉色:守门员残基;浅绿色:铰链区;红色:前区(口袋入口);品红色:DFG 基序前区;鲑鱼色:后口袋;棕色:顶部区域;青色:激活段;蓝色:ATP 口袋外部;深绿色/深青色:在激酶非活性构象(DFG-out)中暴露的位置及其他额外位置。图片源自 Angew. Chem. Int. Ed. 2018, 57, 4372。

激酶变构结合口袋中与半胱氨酸的共价相互作用

共价化合物与 CDK2 Cys177 的预测结合模式,以及与 Pro228 和 Asn272 的 π-π 堆积相互作用
p38α 脂质口袋:与 Cys252 的共价相互作用、与 Trp197 的 π-π 堆积作用、靠近 Leu291 的子口袋,以及与 Ser293 肽骨架的水介导氢键桥连

共价弹头分布

分子特性

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