DNA库

专为鉴定DNA稳定性所必需的蛋白质的新活性物质而设计

5 760种化合物

长期以来,靶向DNA仅在非特异性和细胞毒性药物的背景下被考虑。迄今为止,几乎所有已知的DNA相互作用药物都会对活细胞造成灾难性作用。几种众所周知的、以前且现在仍然广泛使用的抗癌药物,如顺铂、多柔比星和溴乙锭,都是非选择性DNA结合分子或嵌入化合物。在过去的几年里,蛋白质-DNA相互作用界面在药物猎人中引起了广泛关注。该领域正在研究中,需要深入研究才能将新分子引入临床。为了满足对新型特异性DNA结合分子日益增长的需求,我们结合了不同的方法和工具创建了一个多功能化合物库。

该文库已经预装处理,以便最方便、快速地获取。使用我们以DNA为重点的化合物库,您可以获得多重益处,从而节省在hit扩增和优化方面的时间和成本。

  • 从超过400万种化合物的干粉库存中重新供应类似物和hit样本
  • 通过我们的REAL数据库技术对后续库进行简单、低成本的合成
  • 通过现场广泛的ADME/T面板增强药物化学支持

典型格式

目录号 化合物数量 规格 储存形式 价格
DNA-5760-5-Y-10 5 760
18块板
5µL@10mM
DMSO溶液
384孔Echo认证LDV声波微孔板,
第1、2和23、24列留空,每板320个化合物
立即询价
DNA-5760-10-Y-10 5 760
18块板
10μL@10mM
DMSO储备溶液
384孔板(Greiner#781280)
前2列和后2列分别留空,每板320个化合物
立即询价
DNA-5760-50-X-10 5 760
72块板
50μL@10mM
DMSO溶液
96孔板(Greiner#650160)
第1列和第12列留空,每板80个化合物
立即询价
DNA-5760 5 760 客户定制 任意定制形式 立即询价

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  • 库代码:DNA-5760
  • 版本:2023年10月6日
  • 5 760种化合物

库的设计

对不同的DNA结构进行了仔细的研究和分析:(1)G-四链体结构;G-四链体是非经典的 DNA 结构,由富含鸟嘌呤的序列形成的堆叠 G-四联体组成。这些结构由一价阳离子(如 K+ 和 Na+)稳定。G-四链体常见于MYC等致癌基因的启动子区域,在调节基因表达中起重要作用。理解配体与G-四链体的结合,有助于深入了解针对癌基因和调节基因表达的潜在治疗策略。(2) 双螺旋DNA结构是两条DNA链相互缠绕的基本排列。DNA双链的完整性对细胞和生物体的稳定性和功能至关重要。DNA双链断裂是特别严重的事件,可能导致各种后果。它们与人类综合症、神经退行性疾病、免疫缺陷和癌症的发展有关。

为了寻找潜在的DNA配体,分析了PDB和PDBe配体中所有可用的DNA结构。然后选择了以下条目进行计算机筛选:5W77、6JJ0、7KBW、5T4W、6IJW、7KWK、5Z80、6CCW、6SX3和7EL7。在寻找潜在配体时,主要采用了两种结合类型的方法:

插入:配体自身插入堆叠的DNA碱基对之间。

在DNA沟槽内结合:配体与DNA沟槽结合,而不会显著破坏DNA结构。

分子对接模拟使用了以下查询方式:氢键受体和氢键供体的药效团模型,芳香族基团,硬脂酸和体积排斥特征。每个药效团模型都包括共同特征和特定特征,使结合点特异于每个DNA靶标结构及其相应的原生配体。下面提供了几个例子。

组蛋白赖氨酸甲基转移酶的分子对接模拟示例


A.次要凹槽(PDB ID 6IJW -左图)涉及QCy-DT DNA配体与6IJW之间的结合,配体应与三个芳香族特征相匹配。


B. G-四链体(PDB ID 6CCW - 右图):基于嵌入 G-四链体中嵌入的表小檗碱存在的药效团模型。配体应由三个芳香族部分(F1、F2 和 F3)组成,它们可以堆叠在 DNA 核碱基 G12、G16、A15 和 T13 之间。

DNA及其天然配体以灰色显示,对接配体以黄色显示。

分子特性

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