溴结构域库
针对溴结构域的特选分子
15 360种化合物
溴结构域是在多种蛋白质中发现的蛋白质结构域，参与识别组蛋白上的乙酰化赖氨酸残基。这些结构域因其能够识别乙酰-赖氨酸侧链的能力而得名，该侧链具有与溴离子相似的形状。溴结构域在调节基因表达和染色质结构方面至关重要，因为组蛋白的乙酰化与染色质开放性和活性基因转录有关。含溴结构域蛋白的失调与多种疾病有关，包括癌症和炎症。因此，溴结构域已成为药物发现工作的热门靶标，几种小分子抑制剂正在开发中，用于治疗癌症和其他疾病。
我们的研究重点是寻找针对最重要的溴结构域家族的活性化合物：BET亚家族：包括BRD2、BRD3、BRD4和BRDT溴结构域，其特点是有一个延伸的ZA环，可与组蛋白上的乙酰化赖氨酸残基相互作用。GCN5相关亚家族：该亚家族包括在组蛋白乙酰转移酶中发现的GCN5和PCAF溴结构域，并且具有比 BET 亚家族更短的 ZA 环。类TAF1亚家族：TAF1和TAF1L溴结构域存在于转录因子TFIID中，并具有与其他复杂亚基相互作用的 N 端延伸。类ATAD2亚家族：ATAD2和ATAD2B溴结构域存在于AAA+ ATP酶中，其具有长ZA环以及第二和第三α-螺旋之间独特的插入。此外，我们还对同样含有溴结构域的BPTF蛋白进行了对接计算。
典型格式
| 目录号 | 化合物数量 | 规格 | 储存形式 | 价格 |
| BRD-15-0-Y-10 | 15 360 48块板 |
预备检测格式< 300 nL | 384孔微孔板（Corning#4514) 前2列和后2列分别留空,每板320个化合物 |
立即询价 |
| BRD-15-10-Y-10 | 15 360 48块板 |
10µL@10mM DMSO溶液 |
384孔Echo规格板（Labcyte#LP-0200） 前2列和后2列分别留空,每板320个化合物 |
立即询价 |
| BRD-15-50-X-10 | 15 360 192块板 |
50μL@10mM DMSO溶液 |
96孔板（Greiner#781270） 第1列和最后1列留空,每板80个化合物 |
立即询价 |
| BRD-15 | 15 360 | 客户定制 | 任意定制形式 | 立即询价 |
库的设计
我们采用基于结构的方法，分子对接计算，作为化合物库设计的主要方法。从PDB和PDBe中分析和提取了每个溴域亚家族的所有可用PDB结构。我们选择了独特的“蛋白质-配体”复合物进行分析。我们的研究包括了以下PDB结构：BRD2（4j1p, 4a9o, 5uew, 6ffe, 7l6d, 7l9j, 和 7oe8），BRD3（3s91 和 7l9l），BRD4（7ajn, 7axr, 和 7c2z），以及BRDT（4flp, 7l9a, 和 7mrg）；PCAF（5fdz 和 5fe5）；TAF1（5i1q, 6p38, 和 7jjg）；ATAD2（6veo）；以及BPTF（5r4i, 6lu5, 和 7lp0）。
所有模拟都具有一个共同特征：潜在配体与溴结构域结合口袋内的天冬酰胺（Asn）结合。所有其他结合点都取决于特定的溴结构域及其天然配体的结构。例如，在左图中，展示了7l6d的对接示例。该模型具有以下关键特征：（1）一个与Asn 429相互作用的氢键受体，一个HOH分子（与Tyr 386形成一个氢键桥），结合口袋另一部分的氢键受体与Asp 377的肽骨架相互作用；（2）两个芳香基团填充在Val 435、Leu 383和Pro 371、Leu 381之间的亚口袋；以及（3）任何原子基团填充在Tyr 428、Asn 429和Leu 383之间的亚口袋。相比之下，在右图（5fe5）中，模型应包含略微不同的结合特性：（1）一个与Asn 803（一个HOH分子）相互作用的氢键受体（与Tyr 760形成氢键桥）（2）两个芳香基团填充结合口袋，并可能与Tyr 809形成堆积相互作用。
溴结构域分子对接的模拟示例
采用以下配色方案进行了与溴结构域的分子对接模拟:红色球代表氢键受体，蓝色球代表氢键供体，橙色球代表芳香基团，灰色球代表任何其他原子类型。蛋白质及其天然配体以灰色突出显示，而对接配体的示例以黄色显示。
分子特性
